AGRIFUTURΞ: Echtzeit Nachweis von landwirtschaftlichen Schaderregern!
Detektion von landwirtschaftlichen Schaderregern durch Nanoporen-basierte Sequenzierung
Die AGRIFUTURΞ Webseite bietet eine kostenlose, web-basierte Sequenzanalyse zur Pathogendetektion in Echtzeit an. Laden Sie einfach den Desktop Agent hier herunter, legen Sie hier ein Profil an und laden Ihre Fast5 oder Fastq Dateien vom laufenden Sequenzierungsprojekt hoch.
Weitere Informationen zur Nutzung finden Sie in der Installationsanleitung und Benutzeranleitung.
Es fehlt ein Referenzgenom von einem Schaderreger in der Datenbank? Dann laden Sie Ihre eigenen Referenzgenome hoch, um die Datenbank zu erweitern.
Identifizieren Sie Schaderreger innerhalb weniger Stunden
Einfach die DNA einer infizierten Pflanzenprobe aufreinigen und eine DNA Sequenzbibliothek sequenzieren. Verbinden Sie den AGRIFUTURΞ Desktop Agent mit dem laufenden Sequenziervorgang und Sie erhalten die Ergebnisse zum Schaderrergernachweis in Echtzeit.
Keine vorherigen Kenntnisse vom Schaderreger notwendig
Die AGRIFUTURΞ Pipeline vergleicht DNA Sequenzen gegen eine sorgfältig ausgewählte Genom-Datenbank[link!] von bekannten Schaderregern der Bakterien, Pilze und Oomyceten. Dabei werden Sequenzabgleichungen niedriger Qualität herausgefiltert, um eine genaue Bestimmung zu gewährleisten.
Alternativ kann die AGRIFUTURΞ Pipeline genutzt werden, um Sequenzen gegen die NCBI nt Datenbank abzugleichen, um einen Überblick aller Organismen in der Probe zu erhalten.
Gefördert durch:
Die AGRIFUTURΞ Pipeline und die Cloud-basierte Sequenzanalyse sind kostenlose und gemeinnützige Dienstleistungen der Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung. Benutzen Sie bitte das Kontaktformular für die Kontaktaufnahme.