Benutzeranleitung

1. Registriere ein Benutzerkonto oder melde dich an.
2. Verbinde den Desktop Agent mit deinem AGRIFUTURΞ Profil durch den Knopf „Verbinde Nutzerkonto“ oben rechts im Desktop Agent.
3. Starte eine Nanoporen-basierte Sequenzierung gemäß den Herstelleranleitungen.
4. Drücke den Knopf "Eine Analyse starten" im Desktop Agent.
5. Wähle einen Title der Analyse und gib weitere Informationen zu den Proben und dem Datenformat an.
6. Gib den Pfad zum Upload Ordner mit den FAST5 oder FASTQ an (z.B.: /data/nanopore_run/sample/fast5_pass/ oder /data/nanopore_run/sample/fastq_pass/).
7. Wähle die Referenz-Datenbank "Pathogen DB", um eine Bestimmung gegen eine ausgewählte Liste an Schaderregern zu erhalten, oder "NCBI nt DB", um einen generellen Überblick der taxonomische Vielfalt in deiner Probe zu erhalten.
8. Um die Genauigkeit der Bestimmung, auf Kosten der Sensitivität, zu erhöhen, kann eine höhere "Min quality score" und "Min sequence length" gewählt werden. Die Standardwerte sind 8 und 1000.
9. Starte die Analyse.

Die Ergebnisse der Sequenzanalyse werden in deinem AGRIFUTURΞ Profil im Bereich Ergebnisse angezeigt und werden während der Sequenzierung fortlaufend aktualisiert.

Echtzeitanalysen sind momentan auf 72 Stunden limitiert. Du kannst deine Analyse durch einen Klick auf den „Beenden“ Knopf im Desktop Agent beenden. Der Knopf "Abbruch" beendet die Analyse und löscht alle bisherigen Ergebnisse.

Für weitere Informationen bitte die FAQ lesen oder das Kontaktformular nutzen.

1. Registriere ein AGRIFUTURΞ Benutzerkonto oder melde dich an.
2. Klicke auf den "Pathogengenom hinzufügen"  Knopf.
3. Benutze das Formular, um ein Genom in FASTA Format hochzuladen und weitere Informationen zum Genom anzugeben.

Das Genom wird zuerst auf die richtige taxonomische Zuordnung sowie auf Kontaminationen untersucht, bevor es zur Referenzdatenbank hinzugefügt wird.